杀菌灭藻剂对菌类的影响是多方面的，通常通过影响菌的生长分裂、孢子萌发并产生呼吸受到抑制、细胞膨胀、细胞质体的瓦解和细胞壁的破坏等不正常现象，而达到抑制或杀灭生物的目的。药剂的杀菌或抑菌作用主要与化合物的性质、使用浓度和作用时间长短有关。

        比如氯系的氧化性杀菌剂,氯在水中生成分子状态的次氯酸，次氯酸分子能穿透微生物的细胞膜与蛋白质生成稳定的N-Cl键，使呼吸作用所必需的还原酶减弱或失去活性，较高浓度时会破坏细胞壁。添加到水中的氯以次氯酸的形式存在的比例越高，杀菌效果越好。 

        季铵盐类的非氧化性杀菌剂，由于有表面活性作用，穿透性强，能够改变细胞壁的渗透性，使菌体破裂；杀菌剂吸附到菌体表面后，使酶失去活性和蛋白质变性。

        异噻唑啉酮的杀菌机理是对微生物的细胞膜有极强的穿透能力，能够通过破坏细菌、藻类与蛋白质的结合键而起杀生作用。